Omics解析向けワークステーション

他の事例をお探しの方は「PC提案事例の検索」をしてみてください。

事例No.PC-11668

参考価格：
1,556,500円

用途：R、Python3、SAMtoolsやBWA、STARを用いた基本的なオミクス解析、Higlassを用いたHi-Cデータの可視化

お客さまからのご相談内容

現在使用しているバイオインフォマティクス専用ワークステーションの買い替えを検討している。
具体的な用途として、基本的なOmics解析に用いるSAMtoolsやSTAR、Hi-Cデータの可視化に用いるHiglassをスムーズに運用したい。
これらの用途を前提に、現在使っているPCと同等かそれ以上のスペックの構成を予算80万～100万円の範囲で提案してほしい。

なお、現在使用しているPCのスペックは以下の通り。

CPU	Intel Xeon E5-2640 v4 ×2(20コア/40スレッド)
メモリ	256GB REG ECC
ビデオ	NVIDIA Quadro P620
OS	Ubuntu 22.04

テガラからのご提案

お客さまご希望の条件に沿った構成をご提案しました。

ご予算内でCPUスペックを重視した構成

ご予算に合わせて、現在ご利用のマシンよりもスペックのグレードを高めた構成です。

CPUはXeon Gold 5418Yを2基搭載し、現在ご利用のマシン (20コア) の2倍以上である48コアを実現しています。

メモリ搭載量は現在のマシンと同じ256GBですが、メモリスロットの空きが8スロット分あるため、将来のメモリ増設に対応しています。

ストレージ容量は、解析用途であることを踏まえて、余裕を見た4TBのM.2 NVMe Gen4 SSDを選定しています。
NVMe接続の製品のため、SATA接続のHDDやSSDと比較して高速なデータの読み込み/書き込みが期待できます。

合計48コアのCPUと256GBのメモリ容量により、計算量が大きくなりやすいバイオインフォマティクス解析でも迅速な計算処理が見込めます。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
いただいた条件に合わせて柔軟にマシンをご提案いたしますので、掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

主な仕様

CPU	Intel Xeon Gold 5418Y (2.00GHz 24コア) ×2
メモリ	256GB REG ECC
ストレージ	4TB SSD M.2 NVMe Gen4
ビデオ	NVIDIA T1000 8GB
ネットワーク	on board (10GBase-T x2)
筐体+電源	ミドルタワー型筐体 + 1000W
OS	Ubuntu 22.04

バイオインフォマティクス医学生物学特定ソフトウェア動作最適化コア数重視ワークステーション 2CPU Intel Xeon 256GB・384GB 構成 Linux ～200万円

■キーワード

・Omics解析とは
Omics解析は、生物学や医学の分野で広く使用されるデータ駆動型のアプローチ。Omicsとはゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクスなど、生物学的なデータを収集・解析するための技術の総称。
Omics解析では、高スループットの実験技術や次世代シーケンシングなどの先端技術が活用される。これにより生成される大量のデータは、統計学的な手法やデータマイニングの手法を用いて解析され、疾患のメカニズム解析や新たなバイオマーカーの同定、個別化医療への応用などが可能となる。

・Hi-C法とは
3C(Chromosome Conformation Capture; 染色体立体配座捕捉)法を発展させた全ゲノム解析手法。細胞核内ゲノム3次元構造において空間的に近接する任意のゲノムDNA断片のペアを、次世代シーケンサーを用いて網羅的に検出し、ゲノム3次元構造を推定・解析できる。

・Samtoolsとは
Samtoolsは次世代シーケンサーから出力されたデータを操作するためのプログラム群。
Samtools　(SAM/BAM/CRAM 形式の読み取り/書き込み/編集/インデックス作成/表示)
BCFtools (BCF2/VCF/gVCF ファイルの読み取り/書き込みと、SNPおよび変異データの呼び出し/フィルタリング/要約)
HTSlib (次世代シーケンスデータの読み取り/書き込み用のACライブラリ)

参考：Samtools (Genome Research Limited) ※外部ページに飛びます

・STARとは

STAR は RNA-Seqで得られたリード(生データ)をリファレンス配列にマッピングするプログラム。Github上で公開されており、要求されるスペックは高いものの、高速なマッピング速度を有している。

参考：alexdobin/STAR | GitHub ※外部ページに飛びます

・HiGlassとは

HiGlassとは大規模な Hi-C およびその他のゲノムデータセットを高速に可視化できるデータビューア。他のオミックスデータと連携させつつ、探索的データ解析ができる。

参考：higlass/higlass | GitHub ※外部ページに飛びます

事例追加日：2024/06/26

ご注文の流れはこちら
お支払い方法はこちら
修理のご依頼・サポートはこちら

PC提案事例の検索はこちら

ご注文の流れ

	お問い合わせフォームよりご相談内容をお書き添えの上、お問い合わせください。（お電話でもご相談を承っております）
	弊社より24時間以内にメールにてご連絡します。
	必要に応じてメールにて打ち合わせさせていただいた上で、メール添付にてお見積書をお送りします。
	お見積もり内容にご納得いただけましたら、メールにてご注文ください。ご注文確定後、必要な部材を手配し PCを組み立てます。 (掛売りの場合、最初に新規取引票のご記入をお願いしております)
	動作チェックなどを行い、納期が確定いたしましたらご連絡いたします。 (納期は仕様や製造ラインの状況により異なります)
	お客様のお手元にお届けいたします (ヤマト運輸/西濃運輸)

お支払い方法

お支払い方法は、お見積もりメール・お見積書でもご案内しています。

法人掛売りのお客様

原則として、月末締、翌月末日払いの後払いとなります。

学校、公共機関、独立行政法人のお客様

納入と同時に書類三点セット（見積書、納品書、請求書）をお送りしますのでご請求金額を弊社銀行口座へ期日までにお振込み願います。
先に書面での正式見積書（社印、代表者印付）が必要な場合はお知らせください。

企業のお客様

納品時に、代表者印つきの正式書類（納品書、請求書）を添付いたします。
ご検収後、請求金額を弊社銀行口座へお支払い期日までにお振込み願います。

銀行振込(先振込み)のお客様

ご注文のご連絡をいただいた後、お振込みを確認した時点で注文の確定とさせていただきます。

修理のご依頼・サポートについて

弊社製PCの保証内容は、お見積もりメールでもご案内しています。

■お問合せ先
テガラの取り扱い製品に関する総合サポート受付のWEBサイトをご用意しております。
テガラ株式会社サポートサイト

※お問い合わせの際には、「ご購入前」と「ご購入後」で受付フォームが分かれておりますので、ご注意ください。

メール	support@tegara.com
電話	053-543-6688

■テグシスのサポートについて
保証期間内の修理について

保証期間内におけるハードウェアの故障や不具合につきましては、無償で修理いたします。
ただし、お客様による破損や、ソフトウェアに起因するトラブルなど保証規定にて定める項目に該当する場合は保証対象外となります。
保証期間経過後も、PCをお預かりしての初期診断は無料で実施しております。

無料メール相談
PCの運用やトラブルにつきまして、メールでのご相談を承ります。経験・知識の豊富な技術コンサルタントが無料でアドバイスいたします。
※調査や検証が必要な場合はお答えできなかったり、有償対応となることがあります

オプション保証サービス

「あんしん＋」　もしもの時の延長保証サービス

PCのご購入時にトータル5年までの延長保証をご選択いただけます。また、ご購入後にも延長保証を申し込むことができます。
延長を申し込みいただきますと、標準保証と同等の保証を期間満了まで受けることができます。
なお、PCの仕様によっては料金が異なる場合があります。

延長保証あんしん＋ご加入のタイミング
※仕様によっては保証期間の延長ができない場合があります。

HDD返却不要サービス

保証期間内にPCのHDD(SSD)が故障した場合、通常、新品のHDDとの交換対応となり、故障したHDDはご返却いたしません。
しかしこの「HDD返却不要サービス」にご加入いただければ、保証期間内にHDD(SSD)が故障した場合には新品のHDDをご提供いたしますが、故障したHDDを引き渡していただく必要はありません。お客さまの大切なデータの入ったHDDをお手元に保管しておくことができます。