PC提案事例

Omics解析のためのPCを検討している。

これまでは一般的なノートPCを使って解析を行っていたが、解析可能なデータ量や処理にかかる時間などの問題から、専用PCを購入したいと考えている。

サンプル解析は外注に依頼しており、導入するPCでは生データからの解析を主とする予定。

以下の条件で提案を希望する。

・CPU…

CPUでの処理を前提とした構成をご提案しました。
Core i9-13900KはCore i7-13700Kよりもコア数が多く、1コアあたりのBoost上限も向上するため、1計算あたりの速度に対してメリットがあります。

GPUはご予算から逆算し、GPUアクセラレーションも可能なものとしておりますが、画面出力のみを目的とする場合はローエンドモデルに変更し、コストを下げ…

レセプトデータベースを活用した研究を行っている。
現在、M1チップを搭載したメモリ16GBのMacbook Airを使っているが、解析に時間がかかるため予算40万円程度で専用PCを導入したい。

使用するソフトはVigiBase、NaviCat for SQLite、R、JADER、Microsoft Access、EZRを予定。
長期的にはRNA-seq…

ご要望に合わせて構成を検討しました。

データ保存用のストレージは外付けSSDの利用を想定していますが、本体側のストレージにはメモリのオーバーフローやRなどの中間ファイルを一時的に書き込む可能性があります。そのため、システム用SSDとして速度の速いタイプの製品を選定しています。このような前提から、PC本体のストレージにデータを置くことは想定しておらず、空き容量が減ると速度が下がっ…

Windows Subsystem for Linuxを使用して、PythonやRを用いたシングルセルRNA-seq解析を実施したい。
FastQCデータからQC (Quality Control)、マッピング、定量、データ解析まで実施する予定。
現状のマシンでは、処理の実施から完了までに24時間程度かかっているため、処理時間を短縮したい。
RのParal…

ご要望に合わせて構成を検討しました。

コア数よりもクロック数を重視した構成が望ましいとのことから、Core i9-13900KSを用いた構成としております。Core i9-13900KSは発熱が大きいため、本構成のCPUクーラーは通常よりも大きいサイズに換装しています。

もし、RのParallelパッケージを使用している場合や、同時に走らせる計算数を増やしたい場合…

R (RStan) を用いたベイズ統計におけるMCMC法を行う予定があり、そのためのマシンを検討したい。
消費者アンケートデータの統計分析が中心で、最大で1,000件程度の処理を予定。
BayoLinkSを用いたベイジアンネットワーク分析と、Rを用いたベイジアンネットワーク分析を想定している。
検討における条件は以下の通り。