PC提案事例

Gaussianを使って金属錯体の計算を行いたい。想定している計算では、基本的にCPUを8コア使うことを想定している。
必要に応じて2つの計算を同時に行う場合があり、CPU全体としては合計20スレッドあれば十分。R言語による行列計算も考えている。
なお、自分自身で検討した構成は下記の通り。

NGS解析用マシンの導入を考えている。
バイオインフォマティクスを専門にはしていないため、それほど高度な作業を行う予定はない。
WinRHIZOで画像解析したデータや遺伝子発現データをExcelやRなどで解析したり、シーケンスデータから定量データに計算させる処理を考えている。3Dモデルを動かすような処理は行わない。

想定スペックは以下の通り。

ご要望に合わせて、構成をご提案しました。

CPUは、AMD Ryzen9 Threadripper 7950Xを選択し、32スレッド程度の条件を満たしています。
また、3Dモデルの表示や操作は行わないと伺いましたので、ビデオ出力はコストを優先してオンボードとしています。

一般的な大手メーカー製マシンと比較した場合、納入後に行っていただくセットアップ内容…

大規模な分子動力学計算を行うためのマシンが欲しい。
LAMMPSやGROMACSの利用がメインで、必要に応じて量子化学計算 (Density Functional Theory：DFT) も利用する。
GPGPUでの計算を行うので、CUDA Toolkitもインストールして欲しい。

また、希望条件は以下の通り。

・…

お客様のご希望を元に、構成をご案内しました。
LAMMPSやGROMACSでの大規模な分子動力学計算を想定した構成です。

■Point

AMD ThreadripperPRO と NVIDIA A…

マテリアルズ・インフォマティクスの研究で、不確実性に関する数値シミュレーションを行うためのマシンが欲しい。
異なる条件で大量のシミュレーションを実施する必要があるため、並列計算能力の高いマシンが理想。
また、大規模な解析結果を高速で可視化するために、高性能なGPUが必要。
希望するスペックは以下の通り。