PC提案事例

バイオインフォマティクス分野で次世代シーケンサー解析を行うためのワークステーションが欲しい。解析パイプラインで使用するソフトウェアは「BWA」「GATK」「Samtools」などを予定。希望条件は以下の通り。

・CPU：32スレッド以上
・メモリ：予算内で限界まで搭載 (将来的には1TBまで増設予定)
・ストレージ：512GB～…

ご希望の条件に合わせて構成を検討しました。
CPUはRyzen ThreadripperPRO 5969WX (24コア 48スレッド) を採用しています。
ストレージはNVMeタイプの1TB SSDとしています。

メモリは256GB搭載しており、1TBまでの拡張が可能です。
ただし、出荷時点でのメモリモジュール構成は64GB x4枚であり、…

Nextseq2000システムで取得したNGSデータを解析するためのマシンを導入したい。
以下の条件に近い構成を提案して欲しい。

・CPU：Intel Xeon 24コア以上 x2
・メモリ：768GB程度
・ストレージ1：SSD 2TB M.2
・ストレージ2：HDD 4TB S-ATA
…

ご要望のCPUコア数を満たす構成にてご提案しました。
1CPUあたり28コア x2で合計56コアとなるようにCPUを選定しています。

第3世代Xeon Scalableは、メモリチャンネルが8ですので、ご要望の768GBを超える容量で最適な構成とした場合、1TBを選択する必要があります。しかし、その場合には予算を大幅に超過してしまうため、ひとまずご希望よりも少ない容…

BLASTによるDNA塩基配列の検索や、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を行うためのマシンを導入したい。
教員と複数の学生が使用し、学内の有線LAN経由でマシンにアクセスする使い方を予定している。
BLASTでのクエリ配列は数百から数千程度で、データベース配列は10万程度を予定。
HMMERによるドメイン検索は、10万程度のクエリ配列を想定している…

ご要望に合わせて構成を検討しました。
データベースはHDD 8TBへの格納を想定していますが、サイズによってはストレージ容量が不足する場合があるため、容量面で問題ないことをお客様にご確認いただいています。

de novo解析の実行も可能な構成ですが、優先度の高い要件として考慮する場合には、仕様上の最大メモリ容量となる128GBを搭載するのが良いかと思われます。

NGS解析用マシンの導入を考えている。
バイオインフォマティクスを専門にはしていないため、それほど高度な作業を行う予定はない。
WinRHIZOで画像解析したデータや遺伝子発現データをExcelやRなどで解析したり、シーケンスデータから定量データに計算させる処理を考えている。3Dモデルを動かすような処理は行わない。

想定スペックは以下の通り。

ご要望に合わせて、構成をご提案しました。

CPUは、AMD Ryzen9 Threadripper 7950Xを選択し、32スレッド程度の条件を満たしています。
また、3Dモデルの表示や操作は行わないと伺いましたので、ビデオ出力はコストを優先してオンボードとしています。

一般的な大手メーカー製マシンと比較した場合、納入後に行っていただくセットアップ内容…